本馆目前共有12个文库，均以捐赠人或机构的名称命名。其中11个文库属于个人捐赠文库，还有1个文库是本中心历届师生以及中外客座教授的出版物集结。文库已经成为我们资料馆基本馆藏的重要组成部分。具体如下：

1. 高崎文库

 高崎文库是以捐赠者高崎达之助先生的姓氏命名。他是日本著名的政治家、企业家，曾任万隆会议的日本代表团团长。1989年4月，日本友人高崎达之助先生向本馆捐赠“高崎文库”，数量为3000余册日文图书，主题范围涉及社会以及经济领域。原全国政协主席邓颖超女士为高崎文库题词。

2. 孙平化文库

 孙平化文库是以捐赠者孙平化先生的姓名命名。老先生曾任中日友协会长，于1992年11月3日接受日本国天皇陛下授予的勋一等瑞宝章。为纪念此次授勋，日本茨城县日中友好协会川津子之吉会长号召茨城县、水户市各界朋友捐资建立孙平化文库。孙平化先生为使文库广泛作用于日本学研究事业，特将文库建于北京日本学研究中心。1993年10月著名学者赵朴初先生为该文库题词。1995年10月6日在北京举行了该文库剪彩仪式并对外开放。孙平化文库包括中文图书二千册，日文图书三千册，图书主题涵盖社会科学多个领域。

3. 小孙文库

 小孙文库是以捐赠者小孙靖先生的姓氏命名。小孙靖先生是日本讲谈社的知名编辑。1996年10月15日在北京举行设立小孙文库的剪彩仪式。小孙先生将多年搜集的三千余册日文图书以及反应日本社会状况的两百余盘录像带作为视听资料赠予本馆。图书的主题分布主要为日本文学，大部分为日语小说单行本及选集，为读者从事日本文学的研究工作提供了丰富的一手资料。

4. 大平文库

 大平文库是以捐赠者大平正芳先生的姓氏命名。2001年图书馆获得大平财团1000万日元的图书经费资助，即“大平文库”。利用日本大平财团的捐赠建成，是我馆极其具有价值的馆藏之一。

 文库有2000余册图书，包括三方面藏书：日本学研究领域的基础图书；日本学研究领域的史料性典籍；各类综合性及专业性参考工具书。

5. 德川文库

 德川文库由日本著名语言学家德川宗贤先生的遗属捐赠，2000年9月设立，2003年对外开放。文库包括日文图书二千册，日文杂志三千册，文献的主题范围主要为语言学。

6. 野村文库

 野村文库是以捐赠者野村真纪先生的姓氏命名。野村真纪先生是北海道大学法学部教授，2000年秋学期作为日方派遣专家来到日本学研究中心，担任文化专业方向的授课教师。野村真纪先生2003年9月离世。野村先生的家属根据她的遗愿把一部分藏书赠与中心，丰富了中心的馆藏。

7. 松村文库

 根据东京大学已故知名教授松村明的遗愿，夫人松村智世女士将松村明先生终生的藏书于2006年捐赠给北京日本学研究中心图书馆资料馆，为纪念松村明先生，在此特设“松村文库”。

 松村文库共计6000余册图书，图书的主题分布广泛，涉及哲学、历史、社会科学、艺术、语言、文学等领域，研究价值极高。现集中存放于图书资料馆一楼密集书库。

8. 桐山文库

 2011年日本阿含宗馆长桐山靖雄先生捐赠价值300万日元的日文图书。以桐山靖雄先生的姓氏建立了桐山文库。

9. 丹羽文库

 丹羽文库由日本前驻中国大使丹羽宇一郎先生捐赠。于2012年8月设立并向读者正式开放。丹羽文库共1500册日本图书，图书的主题涉及社会学、经济学等领域。现集中存放于图书资料馆一楼密集书库。

10. 米井文库

 米井文库是以捐赠者米井力也先生的姓氏命名。米井力也先生是京都大学文学博士，原大阪大学教授，主要从事十六、十七世纪天主教文学研究。2008年因病逝世，藏书由米井夫人捐赠，共二千余册。复本部分将转赠北京外国语大学日语系以及其他大学图书馆，本馆仅收藏一千二百册左右。

11. 昭惠文库

 昭惠文库是日本国前首相安倍晋三的夫人安倍昭惠女士捐赠，于2014年11月份正式开放。该文库共计24册图书、5册杂志，涉及的主要内容为日本出版的艺术类及生活类图书。

12. 日研文库

 日研文库是专门为日本学研究中心的教师、学生，以及中外客座教授、毕业生所设立的。日研文库里收集了他们的专著、译注以及发表的文章，以向关注我们的广大读者展示我们日本学研究中心的科研成果。