我馆重点收藏的文献为日本文化、日本文学、日本语言学、日本语教育、日本经济、日本社会六大专业相关的书籍，类别集中，特色鲜明，极具专业性。图书馆大部分日文图书是由中日双方知名专家挑选，具有极高的学术价值。馆内六大专业主要学派的著作均有收藏，是中国国内为数不多的以日文最新文献为主要特色馆藏，而且专业性、学术性极强的研究型图书馆。

 目前，资料馆拥有日文图书14万册，中文图书约2万册，日文学术杂志200多种，日文报纸3种，中文学术杂志40多种。

 借助日本国际交流基金的专项图书经费购入的日文图书构成本馆的基本馆藏，而由中日双方民间友好团体及个人捐赠的日文图书形成若干个个人文库，成为基本馆藏的有力补充。个人文库具体为：高崎文库、孙平化文库、小孙文库、大平文库、德川文库、野村文库、松村文库、桐山文库、丹宇文库、米井文库、昭惠文库等。

 另外，日本大平财团所赠日本学基础图书分别是：《日本史籍協会叢書》、《渋沢栄―伝記資料》、《日本庶民生活資料集成》、《昭和史》、《日本科学技術史大系》、《明治以降教育制度発達史》、《戦後日本教育史料集成》、《法規分類大全》、《近世地方経済史料》、《明治前期財政経済史料集成》、《近代日本教育制度史料》、《日本外交史》、《明治大正日本国勢沿革資料総覧》、《大日本地誌大系》、《京都藂書》、《野史臺 維新史料叢書》、《昭和ニュース事典》、《大日本古記録》、《内閣文庫所藏史籍叢刊》、《大日本古文書》、《史籍集覧》、《大日本近世史料》、《江戸叢書》等等大型丛书。

 另外一个特色就是馆内收藏的多种文库本图书是一种廉价且外型便于携带，以普及为目的的图书。它们分别是：东洋文库、岩波文库、岩波新书、同时代丛书、中公文库、中公新书、讲谈社文库、讲谈社现代新书、筑摩文库、日经文库、讲谈社文艺文库、讲谈社文库、讲谈社阿尔法文库、杂类文库本、讲谈社选书メチエ。

 我馆收藏的中文图书中有《四部丛书》、《民国丛书》等珍贵书籍，与日文文献馆藏相得益彰，共同构成完整的馆藏体系。

 我馆日文学术杂志的种类和藏本量在全国范围内独一无二。既有日本国际交流基金每年出资购入的60多种新刊，亦有日本友好大学和研究机构赠与的专刊。涉猎专业丰富，过刊-现刊俱全，时代感强，可读性大，深受广大读者的喜爱。