日本学研究中心图书资料馆现有藏书16万册，其中日文图书14万册，中文图书2万余册。此外，资料馆还收藏学术杂志70种，日文报纸3种，日本各研究机构的纪要（学报）50余种，中文学术杂志110种。

馆内重点收藏的文献主要是6大专业日文图书，他们分别是日本文化、日本文学、日语语言学、日本社会、日本语教育及日本经济专业。6大专业主要学派的主要著作均有收藏，注重丛书、多卷书及全集的采集以保证研究资料的完整性；馆藏“日本学基础图书系列”尤其以对日本学典籍的全面收藏而见长，藏书类别集中，特色鲜明，具有明显的专业图书馆特征；馆内图书的知识水准一般为研究生及其以上层次，是按照研究级藏书标准进行的馆藏建设，大部分日文图书经中日双方知名专家挑选，具有较高的学术价值。馆藏日文图书按《日本图书十进分类法》分类排架。

日文馆藏还包括由友好团体和个人赠送的若干个个人文库，它们分别是：高崎（达之助）文库、孙平化文库、小孙（靖）文库、大平(正芳)文库、德川（宗贤）文库、野村文库、松村（明）文库、桐山（靖雄）文库、丹羽（宇一郎）文库、米井（也力）文库、（安倍）昭惠文库。

中文馆藏围绕日本学研究的文献需求而建设，较为齐全地收藏了国内出版的有关日本社会、文化、语言、文学、教育及经济方面的著述，以文学类及语言类图书数量为最多。馆藏中文图书按照《中国图书馆分类法》排架。